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Sur le chemin de l’ouverture et de l’interdisciplinarité

(Source d’image : Gustavo Reinecken)

Les façons de faire des découvertes sont en constante évolution dans l’écosystème de recherche. C’est pourquoi il est désormais impératif de miser sur l’ouverture, la collaboration et l’interdisciplinarité pour répondre aux priorités de recherche, au pays comme à l’échelle internationale. Les principes de la science ouverte sont au cœur de notre vision et de notre plan stratégique CRSNG 2030 : Découverte, innovation, inclusion.

Dans le cadre de la semaine internationale du libre accès, nous avons rencontré Timothée Poisot, professeur agrégé au Département de sciences biologiques de l’Université de Montréal, pour discuter du rôle clé que joue le libre accès dans le cadre de son programme de recherche interdisciplinaire et de la façon dont la génération actuelle de stagiaires contribue à propulser le mouvement.

En quoi consiste votre programme de recherche?

Je me considère comme un éco-informaticien. Au cours de ma maitrise en parasitologie et en épidémiologie, j’ai commencé à m’intéresser de plus en plus aux interactions en écologie. C’est ce qui m’a amené à l’Université de Montréal, où j’ai créé This link will take you to another Web site mon laboratoire dans l’optique de mettre au point de nouveaux outils quantitatifs pour l’étude des écosystèmes.

Nous cherchons à résoudre de grandes questions touchant aux sciences de la biodiversité, à l’écologie des écosystèmes et à l’écologie des agents pathogènes à l’aide d’outils issus d’autres champs d’expertise, comme l’apprentissage machine, les statistiques, l’intelligence artificielle (IA), les mathématiques appliquées et le calcul à haute performance. L’objectif est de fournir des prévisions qui éclaireront les décisions en matière de politiques ou qui pourront être utilisées dans un cadre décisionnel.

Le Poisot Lab est d’abord et avant tout un laboratoire de science ouverte. Pourquoi le libre accès a-t-il une telle importance pour vous et dans le cadre de vos recherches?

Nous tentons de travailler de manière ouverte par défaut, c’est-à-dire qu’à moins que nous ayons de solides raisons de ne pas être complètement transparents, tout ce que nous faisons sera en libre accès. Par exemple, vous trouverez des ébauches d’articles en cours de rédaction sur This link will take you to another Web site notre page GitHub; vous pouvez suivre la rédaction d’un manuscrit en temps réel, le développement de nos progiciels et la conception de pipelines particuliers à des fins d’analyse.

En tant que laboratoire financé par des fonds publics, nous voulons que l’information demeure accessible à tout le monde et que plus de gens puissent examiner nos travaux de recherche. D’autres personnes travaillant sur des projets similaires peuvent ainsi interagir avec ce que nous produisons de façon constructive.

Le libre accès force aussi les stagiaires à adopter des normes de professionnalisme très rigoureuses, car n’importe qui peut observer leur façon de travailler. Cela peut sembler effrayant de prime abord. Pourtant, les stagiaires finissent par être très à l’aise avec cette réalité et trouvent même cela très valorisant.

Vos travaux de recherche sont à l’intersection de nombreuses autres disciplines qui ont des points de vue différents sur le libre accès. Avez-vous constaté que les gens étaient plus hésitants dans certains domaines?

Nos collègues en mathématiques et en physique utilisent des serveurs de prépublication depuis vingt-cinq ans, et il est pratiquement courant dans des domaines comme l’apprentissage machine et l’IA que le code soit en libre accès et que le travail se fasse sur des ensembles de données partagés.

En écologie, les choses sont un peu différentes. Les scientifiques du domaine sont un peu plus hésitants, car les données sont difficiles à recueillir d’un point de vue logistique et financier. La propriété des données est vue d’une autre façon. Nous devons donc faire preuve de prudence lorsque nous interagissons avec des collègues de notre propre domaine. Nous cherchons à faire valoir les avantages de travailler de façon ouverte. Nous leur disons : nous n’avons pas nécessairement besoin de vos données, mais si nous voyons des données semblables, nous pouvons alors créer quelque chose que vous pourriez utiliser.

Y a-t-il eu un évènement ou une personne qui a fait de vous un fervent promoteur de la science ouverte?

Pas vraiment. Je suis le premier universitaire de ma famille, donc je n’avais aucune idée préconçue sur le fonctionnement du milieu. Cependant, le libre accès occupait déjà une place centrale dans la culture du laboratoire où j’ai fait mon doctorat. En fait, à ma première année de maitrise, nous étions parmi les premiers étudiants en France à porter un teeshirt PLOS One. Quinze ans plus tard, j’ai toujours ce teeshirt. Il est bien usé, mais pour moi, c’est un objet de collection d’édition limitée!

Il y avait donc déjà cette idée de publication en libre accès, et j’étais intéressé par ce mouvement. J’ai donc intégré quelques-uns de ces éléments à ma pratique. Cette approche s’arrimait d’ailleurs à mes valeurs personnelles, et je voulais que cela se reflète dans mon travail.

Comment le milieu de la recherche peut-il promouvoir davantage le libre accès pour démocratiser la science ouverte?

Progressivement! Christie Bahlai, une chercheuse canadienne qui travaille à la Kent State University, a publié un excellent billet de blogue intitulé This link will take you to another Web site Baby steps for the Open-Curious (premiers pas pour les libre-curieux), qui souligne l’importance d’effectuer ce changement très lentement. La science ouverte peut rapidement entrer en conflit avec les valeurs de certains scientifiques, ou engendrer chez eux la crainte de se faire prendre leurs données. Il y a cette idée que nous sommes en concurrence les uns avec les autres, une idée à laquelle la science ouverte s’oppose. En tant que promoteurs de la science ouverte, je crois que nous devons faire mieux pour convaincre les gens que cette approche n’est pas si différente de la façon dont ils travaillent actuellement.

L’idée n’est pas d’amener tout le monde à faire de la science ouverte en tout temps. Le libre accès peut être accordé à différents moments, mais pas nécessairement tout le temps, et il y a des choses auxquelles on ne devrait pas avoir accès librement. C’est le cas, par exemple, des travaux de recherche à double usage, qui peuvent avoir des applications néfastes. C’est un peu comme une boite de Pandore qu’il est préférable de laisser fermée.

Nous avons également conscience que les personnes intéressées hors du milieu universitaire peuvent avoir des motivations financières ou des contraintes différentes en ce qui concerne la propriété intellectuelle, la propriété des données et la confidentialité des renseignements. Si elles refusent qu’un travail soit en libre accès, ça va. Je vous donne un autre exemple : nous travaillons sur des prototypes de bétacoronavirus et nous devons faire preuve d’une grande prudence pour éviter que ces données soient mal interprétées. Elles resteront donc confidentielles jusqu’à leur publication.

On doit donc rester flexible avec la science ouverte. Nous croyons qu’il faut faire place aux compromis, et respecter les limites des autres. C’est essentiel.

Quel est selon vous le grand obstacle à franchir pour que le mouvement puisse prendre de l’ampleur?

Comme le mouvement existe depuis une vingtaine d’années, les étudiantes et étudiants qui commencent leurs études supérieures aujourd’hui n’ont connu que cela dans leur vie universitaire, par opposition aux scientifiques des générations antérieures qui fréquentent les laboratoires depuis plus longtemps et pour qui le libre accès demeure quelque chose d’inédit.

Pour la génération actuelle d’étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs, le libre accès ne pose pas problème. C’est simplement le statu quo. Dans n’importe quel laboratoire, les stagiaires sont toujours plus nombreux que les chercheuses et chercheurs principaux. Donc, lorsqu’ils préconisent des valeurs de partage, d’ouverture et de contribution à la communauté, ils influencent la direction que prend le domaine; ils en modifient considérablement la culture.

Je ne pense pas qu’une masse critique de données ou de publications en libre accès va tout changer. Ce qui amènera un vrai changement, ce sont les valeurs et ce que nous considérons être une recherche utile à publier ou à financer.

Quelle orientation espérez-vous donner à vos travaux de recherche dans les prochaines étapes? Comment la science ouverte peut-elle vous aider?

Il faut plus d’interdisciplinarité. Lorsque j’imagine un projet pour des étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs ou pour des stagiaires postdoctoraux, je ne cherche pas forcément à embaucher des écologistes ou des biologistes. Je recherche plutôt quelqu’un d’un domaine un peu ou totalement différent, qui pourrait s’attaquer aux défis que nous, en tant qu’écologistes, ne pouvons pas affronter, ou qui nous permettrait simplement d'essayer de nouvelles façons de faire les choses.

La science ouverte a été un excellent mécanisme pour ce qui est d’embaucher des étudiantes et étudiants ou de trouver des collaboratrices et collaborateurs, puisque ces personnes découvrent nos travaux avant même de nous rencontrer. Étudiantes, étudiants et stagiaires potentiels — quel que soit leur domaine, ils savent déjà sur quoi nous travaillons. Nous recevons maintenant beaucoup de candidatures spontanées de personnes qui ont vu nos travaux sur GitHub et qui ont des idées de projets précis qui pourraient se concrétiser dans le cadre d’un doctorat ou d’un postdoctorat.

Je pourrais écrire cinq pages sur l’évolution de notre programme de recherche, mais cette évolution ne pourra pas se faire si les étudiantes et étudiants n’y adhèrent pas pleinement. Le programme évoluera en fonction de leurs intérêts. Je pose certaines limites, et les étudiantes et étudiants peuvent cerner des domaines concrets où ils peuvent contribuer. C’est très intéressant, et cela n’aurait pas été possible avec un modèle de recherche complètement fermé.

Quelle a été l’importance du financement du CRSNG pour votre programme de recherche?

Ma subvention à la découverte a été la première subvention que j’ai reçue en tant que chercheur principal. Elle a joué un rôle déterminant dans l’intégration des premiers étudiants et étudiantes aux cycles supérieurs au sein de l’équipe de recherche, et elle a déterminé l’orientation du laboratoire pendant les trois ou quatre premières années, avant que je ne commence à explorer d’autres domaines. Il est important de souligner toute la liberté que le CRSNG laisse en matière d’orientations de recherche. Je participe également à deux programmes FONCER sur la biodiversité, qui contribuent à fournir une formation et un soutien adéquats aux étudiantes et étudiants, tout en créant des communautés de pratique, même en dehors du laboratoire.

Enfin, comment vos recherches s’inscrivent-elles dans le cadre du thème de la semaine internationale du libre accès de cette année, Open for Climate Justice (ouverts pour la justice climatique)?

Nous effectuons des prévisions à long terme liées aux changements climatiques et à l’évolution de l’utilisation des sols dans le monde, et nous travaillons également dans le contexte de l’écologie virale et de l’émergence virale. Mais en réalité, il est très difficile de cibler précisément les points d’intersection entre nos travaux et les changements climatiques, parce que les changements climatiques touchent tous les domaines.

Lors d’une discussion en classe, j’ai expliqué que l’on pouvait créer un nouveau modèle de données, et l’un des étudiants a dit : « Mais dans cinq ans, en fonction de la situation climatique, le modèle ne sera plus valable ». C’est une réflexion juste. Il s’agit là d’un aspect inquiétant qui influence tout ce que nous faisons en tant qu’écologistes et scientifiques de la biodiversité. C’est une menace existentielle imminente qui pèse sur nous en permanence.

Cette entrevue a été révisée pour plus de concision et de clarté. 

Liens utiles

This link will take you to another Web site Semaine internationale du libre accès [en anglais]

This link will take you to another Web site Politique des trois organismes sur le libre accès aux publications

This link will take you to another Web site Politique des trois organismes sur la gestion des données de recherche