Pour rendre hommage à l'excellence en recherche, le CRSNG décerne divers prix qui visent à reconnaître des réalisations exceptionnelles, des découvertes innovatrices de jeunes chercheurs aux réalisations et à l'influence de toute une vie.
La Médaille d’or Gerhard-Herzberg en sciences et en génie du Canada est décernée annuellement à une chercheuse ou à un chercheur dont les travaux menés au Canada ont grandement fait progresser le domaine des sciences naturelles ou du génie et se caractérisent par leur excellence et leur influence soutenues.
Le Prix John-C.-Polanyi du CRSNG a été créé en 2006 pour rendre hommage à une chercheuse ou à un chercheur ou à une équipe de chercheurs dont les travaux menés au Canada sont à l’origine d’une percée remarquable réalisée récemment dans un des domaines des sciences naturelles ou du
génie qu’appuie le CRSNG.
Le Prix Brockhouse du Canada pour la recherche interdisciplinaire en sciences et en génie vise à reconnaître les réalisations d'excellentes équipes de chercheurs canadiens provenant de différentes disciplines, qui ont uni leur expertise et leurs efforts pour apporter une contribution importante dans les domaines des sciences naturelles ou du génie.
Les Prix Synergie pour l’innovation, décernés annuellement, reconnaissent les collaborations qui sont un modèle de partenariat efficace entre l’industrie et les universités, ou les collèges.
Chaque année, jusqu'à six bourses sont accordées en vue d'appuyer la carrière de scientifiques et d'ingénieurs exceptionnels et fort prometteurs faisant partie du corps professoral d'universités canadiennes.